X-CLARITY™

Tissue Clearing System

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X-CLARITY™, premier système automatisé d’ETC (electrophoretic tissue/brain clearing)

L’étape critique de la méthode CLARITY™ devient accessible à tous.

 

  • Rapide: Clarification d’un cerveau de souris adulte en 6h seulement (coupes de 1-4mm en 2-4h)
  • Flexible: Compatible avec d’autres organes : cœur, foie, rein, poumons, peau
  • Cohérent: Conservation optimale des protéines
  • Flexible : Conservation des signaux GFP, YFP, tdTomato, etc. et prêt pour immuno-marquages
  • Fiable: Contrôle de température par effet Peltier
  • Intégré: Nombre réduit de composants
  • Économique: Moins de solution de clarification requise
  • Accessible à tous: Installation et utilisation facile
  • Système breveté par Logos Biosystems.

Regardez la vidéo en bas de page pour voir à quel point le X-CLARITY est efficace.

Comment ça marche?

CLARITY Process Logos copie Le X-CLARITY élimine les effets néfastes de l’électrophorèse conventionnelle (tissus brulés, « bouillis », précipités noirs, etc.) liés à des courants électriques irréguliers et ceux des variations de températures au cours du clearing. Le tissu/cerveau est placé dans un contenant à l’intérieur de la chambre ETC, où se déroule l’électrophorèse pour éliminer les lipides des tissus. Le tampon de clearing circule en continue à travers la chambre, avec un ajustement constant de la température.

Set-up du X-CLARITY™

  Le X-CLARITY™ est composé de 4 composants: 1) Contrôleur ETC (régulation fine du courant et de la température), 2) Chambre ETC (design breveté avec un système d’électrodes – système de régulation peltier), 3) Pompe péristaltique et 4) Réservoir de tampon de clearing (avec sonde de température intégrée)

Si vous ne connaissez pas encore la méthode CLARITY™…

La méthode CLARITY™, développée par Karl Deisseroth, Kwanghun Chung et d’autres membres de l’équipe à l’université de Stanford, a été publiée pour la première fois dans Nature en 2013 (images ci-joint extraites de l’article Chung et al, 2013 Nature 497, 332-337). Considérée comme révolutionnaire (même si d’autres méthodes existent), cette approche permet aux chercheurs de rendre optiquement transparents les cerveaux ou tissus tout en laissant les structures internes intactes et perméables aux macromolécules.

Initialement développée pour les Neurosciences, la méthode CLARITY™ pourrait très probablement s’étendre à d’autres champs de recherche en biologie où la compréhension du développement de pathologies et de maladies nécessite une approche globale de l’organe touché.

L’approche CLARITY™ est « simple »: les lipides sont éliminés après immobilisation du cerveau dans un gel transparent: la structure, les protéines, et les acides nucléiques restent intacts. La réalisation concrète de la méthode est un peu moins évidente malgré l’effervescence autour de Clarity™ et nombre de chercheurs à travers le monde essayent, avec plus ou moins de facilité, de reproduire cette technique. L’étape de clearing (3e étape du protocole) demandait jusqu’à présent de développer sa chambre d’électrophorèse « maison », ou à passer par des méthodes particulièrement longues (ex passive clarity™). Autant dire que même si le potentiel application de CLARITY™ est immense, la standardisation de cette étape critique va ouvrir des portes pour les chercheurs.

Logos Biosystems a développé le premier appareil à automatiser l’étape critique du clearing, avec le X-CLARITY™.  Les deux vidéos vous donneront des informations complémentaires sur la méthode. Un lien vers les articles majeurs sur  CLARITY™ sont à votre disposition en bas de page.

Documentation, Ressources externes & Tarifs

La méthode CLARITY™ est une marque déposée de l’université de Stanford. Les informations ci-dessous sont du domaine public et non reliées à la technologie X-CLARITY™.

  • NOUVEL ARTICLE: Basomedial amygdala mediates top-down control of anxiety and fear. Adhikari A*, Lerner TN*, Finkelstein J*, Pak S, Jennings JH, Davidson TJ, Ferenczi E, Gunaydin LA, Mirzabekov JJ, Ye L, Kim S-Y, Lei A, and K Deisseroth. Nature doi:10.1038/nature15698 (2015).
  • Dopamine neurons projecting to the posterior striatum form an anatomically distinct subclass. Menegas M, Bergan JF, Ogawa SK, Isogai Y, Umadevi Venkataraju K, Osten P, Uchida N, and M Watabe-Uchida. eLife 2015;10.7554/eLife.10032 (2015).
  • PEA-CLARITY: 3D molecular imaging of whole plant organs. Palmer WM, Martin AP, Flynn JR, Reed SL, White RG, Furbank RT, and CP Grof. Nature Scientific Reports 5:13492 (2015).
  • Intact-brain analyses reveal distinct information carried by SNc dopamine subcircuits. Lerner TN, Shilyansky C, Davidson TJ, Evans KE, Beier KT, Zalocusky KA, Crow AK, Malenka RC, Luo L, Tomer R, and K Deisseroth. Cell 162:635–647 (2015).
  • Hybrid periportal hepatocytes regenerate the injured liver without giving rise to cancer. Font-Burgada J, Shalapour S, RamaswamyS, Hsueh B, Rossell D, Umemura A, Taniguchi K, Nakagawa H, Valasek MA, Ye L, Kopp JL, Sander M, Carter H, Deisseroth K, Verma IM, and M Karin. Cell 162(4) 766–779 (2015).
  • Fast immuno-labeling by electrophoretically driven infiltration for intact tissue imaging. Li J, Czajkowsky DM, Li X, and Z Shao. Nature Scientific Reports 5(10640):1–7 (2015).
  • A versatile clearing agent for multi-modal brain imaging. Costantini I, Ghobril J-P, Di Giovanna AP, Mascaro ALA, Silvestri L, Müllenbroich MC, Onofri L, Conti V, Vanzi F, Sacconi L, Guerrini R, Markram H, Iannello G, and FS Pavone. Nature Scientific Reports 5(9808):1–9 (2015)
  • Simplified CLARITY for visualizing immunofluorescence labeling in the developing rat brain. Zhang H and L Rinaman. Brain Struct Funct Epub ahead of print (2015).
  • Improved application of the electrophoretic tissue clearing technology, CLARITY, to intact solid organs including brain, pancreas, liver, kidney, lung, and intestine. Lee H, Park J-H, Seo I, Park S-H, and S Kim. BMC Developmental Biology 14(1):48 Epub ahead of print (2015).
  • Manipulating a “cocaine engram” in mice. Hsiang HL, Epp JR, van den Oever MC, Yan C, Rashid AJ, Insel N, Ye L, Niibori Y, Deisseroth K, Frankland PW, Josselyn SA. J Neurosci 34(42):14115–27 (2014).
  • Inside Alzheimer brain with CLARITY: senile plaques, neurofibrillary tangles and axons in 3‐D. Ando K, Laborde Q, Lazar A, Godefroy D, Youssef I, Amar M, Pooler A, Potier M-C, Delatour B, and C Duyckaerts. Acta Neuropathol128:457–459 (2014). Supplemental movies.
  • Bringing CLARITY to gray matter atrophy. Spence RD, Kurth F, Itoh N, Mongerson CRL, Wailes SH, Peng MS, and AJ MacKenzie-Graham. NeuroImage (2014).
  • Single-cell phenotyping within transparent intact tissue through whole-body clearing. Yang B, Treweek JB, Kulkarni RP, Deverman BE, Chen C-K, Lubeck E, Shah S, Cai L, and V Gradinaru. Cell (2014).
  • Whole-brain imaging with single-cell resolution using chemical cocktails and computational analysis. Susaki EA, Tainaka K, Perrin D, Kishino F, Tawara T, Watanabe TM, Yokoyama C, Onoe H, Eguchi M, Yamaguchi S, Abe T, Kiyonari H, Shimizu Y, Miyawaki A, Yokota H, and HR Ueda. Cell (2014).
  • Advanced CLARITY for rapid and high-resolution imaging of intact tissues.Tomer R, Ye L, Hsueh B, and K Deisseroth. Nature Protocols 9(7):1682–1697 (2014). High-resolution figures, supplementary videos, and COLM resources.
  • Three-dimensional printing physiology laboratory technology. Sulkin MS,Widder E, Shao C, Holzem KM, Gloschat C, Gutbrod SR, and IR Efimov. Am J Physiol Heart Circ Physiol 305: H1569–H1573, 2013. ETC chamber designs
  • Neuronal calcium-binding proteins 1/2 localize to dorsal root ganglia and excitatory spinal neurons and are regulated by nerve injury. Zhang M-D, Tortoriello G, Hsueh B, Tomer R, Ye L, Mitsios N, Borgius L, Grant G, Kiehn O, Watanabe M, Uhlén M, Mulder J, Deisseroth K, Harkany T, and T G M Hökfelt. PNAS March 2014. High-resolution Supplementary Video 1     High-resolution Supplementary Video 2
  • Light microscopy mapping of connections in the intact brain. Kim S-Y, Chung K, and K Deisseroth. Trends in Cognitive Sciences 17(12), 596-599 (2013).
  • CLARITY for mapping the nervous system. Chung K and K Deisseroth. Nature Methods 10(6), 508-513 (June 2013).
  • Structural and molecular interrogation of intact biological systems. Chung K, Wallace J, Kim SY, Kalyanasundaram S, Andalman AS, Davidson TJ, Mirzabekov JJ, Zalocusky KA, Mattis J, Denisin AJ, Pak S, Bernstein H, Ramakrishnan C, Grosenick L, Gradinaru V, and K Deisseroth. Nature 497, 332–337 (16 May 2013).  PDF      Supplementary Information     Nature Video

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REFERENCEPRODUCTPRICE (ex VAT)
C10001X-CLARITY Tissue Clearing System (starter kit)
- X-CLARITY ETC Chamber (1 unitŽ)
- X-CLARITY ETC Controller (1 unitŽ)
- X-CLARITY Pump (1 unitŽ)
- X-CLARITY Reservoir (1 unitŽ)
- Tissue container (5 unitŽs)
- Tissue container holder (1 unitŽ)
- Electrophoretic Tissue Clearing Solution (12 x 1L)
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